清康熙年间，忠臣何大人被奸臣杞献唐陷害，全家抄斩，只有其妻及女玉凤（黄杏秀）逃脱，玉凤为救其父，勇闯法场，连杀十三刀斧手，但终不敌受伤，被九难师太（李琳琳）救走，玉凤因此而得名《十三妹》。另一忠臣安大人也遭抄家之祸，只有其子安骥（汤镇业）逃出生天。安骥与玉凤自小青梅竹马，二人于是结伴逃亡。众人路上巧遇逃婚之玉格格，九难师太洞悉格格乃康熙之胞妹，欲籍此行刺康熙。玉格格不懂世情，不知身份已被悉穿，反而爱上女扮男装之玉凤，弄出一场笑话，及后名医李妙生（任达华）出现，玉格格才将爱意转于妙生身上。杞献唐之女紫薇受父命混入玉凤等人当中做卧底，但紫薇却与安骥日久生情，因而发生一段三角恋爱。此时，康熙南下出巡，九难师太部署一切准备行刺康熙，杞献唐安排天罗地网，欲乘机把玉凤等人一网成擒，一场龙争虎斗也因此而展开……