在3×01《The Conscience Code》中，故事时间已经过去三年。Alex Parrish成了美国的英雄，但中情局的水太深了……为了保护自己的国家，她每天都要冒掉脑袋的危险。她索性结束了间谍职业，在意大利某处以匿名身份过着平静的生活。但这种过分美好的情况显然不是为她准备的……因为Ryan又找上门来了。Shelby被代号「寡妇」（Jayne Houdyshell）的国际军火贩子绑架了，Ryan劝说Alex参与他的营救行动，Alex无法拒绝。「寡妇」要求中情局提供某些她需要的东西，否则她不会释放Shelby……偏偏这些东西只有Alex能提供。Ryan和Alex召集Owen和Harry参与营救朋友、击败坏蛋的行动。为了尽快完成任务，Owen找来前特工Jocelyn Turner（Marlee Matlin）——因为她曾和「寡妇」有过一段黑暗的历史。整个团队都面临不确定的命运，但他们还是同意在一起工作，组建一个精英黑色行动组。Alan Powell本季扮演新常规角色Mike McQuigg，在加盟Ryan和Alex的黑色行动组之前一直在一个白人至上主义民团组织中卧底，该组织策划实施一起生化武器袭击。
