Gibbs和McGee在巴拉圭丛林中与一支神秘的反政府武装激战，最终因寡不敌众而被擒。一晃两个月过去了，海军罪案调查处的其他人一直都在寻找他们的下落。另一方面，Vance和Torres被叫到国会听证会上就巴拉圭任务的失败做出解释。Robert Pine、Emiliano Diez、Manuel Uriza、Cheryl Texiera、Andi Chapman、Sumalee Montano、James Babson、Darius De La Cruz、Romeo Fabian客座演出本集。
在Gibbs失踪这两个月里，Bishop临时担任海军罪案调查处的领导。他们试图让一切保持正常，但那几乎不可能。与此同时，巴拉圭任务无论结局如何，都将对本季后续剧情产生持续影响。Jennifer Esposito已经退出该剧，剧情安排她「离开海军罪案调查处去照顾患病的母亲」。这是在荧屏之外发生的，只有台词的描述，没有实际镜头。Maria Bello从15×04开始扮演一名犯罪心理学家，她曾在军中担任少尉，两次前往阿富汗前线。她是少数敢直接挑战Gibbs的人，但她和Gibbs一直都保持着相互尊重，他们的关系很特别。Delilah会在圣诞前后的新集中生下她和McGee的孩子，但也有说孩子在10月的新集中出生。Ducky（David McCallum）有机会在自己的母校致词，但他遇到了一个「非常有影响力的女人」。Clayton Reeves一个「天大的秘密」将在本季开播数集之后曝光，那是一个非常私人化的秘密。Robert Wagner本季某个时刻再次扮演Tony DiNozzo Sr.，Laura San Giacomo再次扮演Grace Confalone。
