加利福尼亚西北部有一座平静安详的小城，毗邻北太平洋，木材业、捕鱼业和旅游业是其经济的重要来源。人口仅有2万余人。但不为人知的是，这个小城隐藏着一个巨大的秘密：政府多年前就把世界上最聪明的一些天才及他们的家属安排到这个每天都在改革和混乱中摇摆动荡的小镇定居。联邦司法长官Jack Carter在一次执行任务中，车子意外在小城抛锚，困在当地进退两难。但是，古里古怪的小城很快让他倍感疑惑。当地那些行为怪异的居民释放出了对这个世界来说还是未知之数的科学产物，产生了巨大恐慌。Carter试图恢复当地的秩序，并逐渐了解了这个小城背后所掩盖的惊天秘密，这个秘密多年来一直是美国政府竭力掩盖的最大秘密。
从发自内心的热爱到怨恨嫉妒，从沉溺上瘾到悲伤消沉，小城尤里卡的居民们在日复一日的生活积累中逐渐产生了越来越多的问题。虽然单个问题并不足为奇，但是伴随着这些居民独特的天才、有病的心理状态和十分有限的资源，这些小问题逐渐演变成不可收拾的大问题。《小城疑云》的故事起始于一个十字路口式的博奕，在这里，人类的意志和科学带来的超级变革发生碰撞、发生抵触。
