救世主尼欧冒着人类最后的地底世界“锡安”被母体摧毁的危险，奋力解救生命垂危的崔妮蒂，但是他也因此由“造物主”那儿得知，人类曾经在与母体的战争中，被毁灭了五次，这次将会是第六次人类世界被母体消灭。同时，锡安的人们面临母体机械大军的入侵，人类也赌上所有武力，发动最大攻势，将整场战役由地面延伸到母体的天空，此外，救世主尼欧与宿敌计算机探员史密斯也将展开一场绝命殊死战……
第二集中，尼奥（基奴·李维斯 饰）没有能从摧毁内部“母体”，他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷，思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带，这个地方由“火车人”控制。墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）和崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰）等人知道了尼奥的情况，在守护天使的带领下，找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇，经过一番激斗，将尼奥救了出来。
此时，电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击，人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗，形势危在旦夕；尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难，到达机器城市，尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”，双发谈判并达成了协议：尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯，以换取锡安的和平。 在“母体”中，尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗。
